银杏的枝干挺拔。树皮幼时浅裂，淡灰色。随着树龄的老化，裂纹和色泽都逐渐变深。裂纹形状、长度，株间有明显差别。从条形到交叉状，长度从40厘米到100厘米不等。
实生银杏，树高可超过30米，胸径超过3米。在适宜条件下，银杏可以长成树干通直、圆满，尖削度小的优质用材。适宜的生态环境，是保证银杏长成尖削度小的优质用材的基础。处于起始地之一的浙江省临安县西天日山上的银杏，有高大的金钱松等林木伴生，加之山地腐殖土疏松肥沃，所以，植株长势更旺，树干通直，从地面起，至少有十几米长的树干，几乎上下一般粗。90年生的成年树，树高23-26米，单株材积1立方米左右，并仍处于材积生长的高峰期。
处于孤立木状态的银杏，以及偏北(如辽宁)或偏南(如广东)分布的银杏，一般主干上分枝的高度不足2米，主干上下粗细悬殊，尤其在分枝的骨干枝上下，差别更为突出。这是由于植株生长受到各种因素抑制的结果。近于轮生的骨干枝，有时会使主干的生长受到极大的抑制。这种状况尽管对生产优质木材极为不利，却有利于植株的开花结实。
银杏的木质部由带缘孔的圆形管胞所组成。部分薄壁细胞内有大粒草酸钙结晶，外观成红色，射线极不发达，有明显的年轮。银杏的皮层较厚，具小菱形或椭圆形皮孔，外表皮一般呈条状或小块状开裂，略带不同程度的交叉。
银杏主干上有大量隐芽。由这些隐芽萌发的短枝，有时也能开花结实。某种条件下，这些隐芽还会发育膨大，形成一排排肿瘤状凸起物。在主枝基部或大枝弯曲处，这种凸起物呈钟乳状，俗称“乳子”、“银乳”或“树乳”。已见的最大树乳长度超过2.0米，基部直径大于28厘米(贵州)。在树干基部，这种凸起物呈横向扩展，形成瘤状物，群众称之为“椅子”。有时在主干上能见到一排排横向排列的疣状突起，也是由银杏的不定芽发育而成的。它与树乳不同的是，见不到明显的向地性。产生这种凸起的机理尚不明确，初步推断可能与植株生长受到抑制有关。
银杏的雌株雄株都能产生树乳，但是雌株产生树乳的比例明显高于雄株。所以，群众中有“银杏只有长了树乳和椅子，才能结实”的说法。实际上，不仅大树能长树乳，即使是一、二年生的幼苗，乃至刚播种二个月的芽苗，在根系生长受阻或其他特定条件下，其根茎以下部位，也可长出小瘤状物；相反，已经进入结实期的成年银杏也不是株株都能长出树乳。所以，把形成树乳作为进入结实期的标志，这种说法缺乏根据。究竟能否从产生树乳的难易程度对银杏的结实乃至其他性状，作出早期鉴定，也值得做些深入研究。
