水稻细菌性条斑病发生后会造成水稻减产是肯定的， 至于会不会影响抽穗主要取决于两个方面因素。
水稻细菌性条斑病主要是通过种子、病稻草及灌溉水和秧苗接触而发病，田间还可以借助气流、水流‘露滴和田间作业而蔓延传播为害，尤其对于氮肥偏多，种子对其不抗病，温度在25-28度，植株遭遇台风暴雨或洪涝灾害后，使植株造成大量伤口时，会田间突发为害，造成叶片出现油渍状半透明黄褐色条斑，影响叶片光合作用，严重时叶片黄白色枯死、卷曲，稻纵矮缩。因此，如果细菌性条斑病在水稻抽穗以后田间发生时，对水稻抽穗无疑是没有任何影响的了，但是因为叶片感病后，会造成叶片光合作用下降，进而会严重影响水稻的灌浆结实，轻者可以减产20%，如果水稻上部三片功能叶感染发病，加之防治不及时，造成大量叶片枯死时，会造成减产50%以上，可见其虽然不会影响水稻抽穗，但是产量损失也会大。如果按照检疫方法进行烧毁处置的话，则直接绝收了。若是在水稻抽穗以前，尤其苗期细菌性条斑病就发生为害时，发生后第一时间及时进行防治的，通常是不会对水稻生长造成多大影响的，因此也无需担心会影响抽穗，但是对于没有及时进行有效防治，而造成田间发生严重，甚至叶片枯死卷曲，植株矮缩不长时，显然会直接影响水稻的孕穗及其抽穗的，造成水稻包颈或抽穗后不能正常结实等情况，这样无疑也是对产量影响很大了。
其实水稻细菌性条斑病，只要田间发生后及时喷药防治，还是很好控制的，一般只要选用氯溴异氰尿酸或噻菌铜或叶枯唑或春雷噻唑锌等轮换交替喷施防治1-2次，就可以有效防止其扩展蔓延加重为害，即使水稻抽穗前发生，也是不会影响抽穗减产严重的，如果不及时进行有效防治，及时抽穗以后发生，不影响水稻抽穗，但同样也会对水稻产量造成严重影响。
总之，水稻细菌性条斑病只要田间发生后，及时开展有效防治，通常是不会造成多大产量损失的。但若不对其进行科学防治，尤其在水稻抽穗前发生严重时肯定会影响抽穗，而抽穗以后田间发生时，虽然不会影响抽穗，但同样为害严重也会造成水稻减产50%以上，甚至绝收的。
