枯草芽孢杆菌不仅能直接处理土壤，而且和种子直接拌种，都对种子是安全无害的。同时还能还能直接灌根或穴施或喷雾使用，也都是安全的。
枯草芽孢杆菌是一种微生物低毒杀菌剂，属于活体细菌制剂，即能直接在植株根表和体内定殖与传导，并随着根茎叶的生长而扩展繁殖，保护植株和根系不受病菌侵染，而且繁殖产生的抗菌蛋白质通过抗生，营养及空间竞争等作用还直接对有害病菌有拮抗和杀灭作用。
枯草芽孢杆菌不仅能直接用于水稻，小麦，大豆等大田作物和果树，蔬菜，茶叶及其花卉园林苗木等植物上进行防治各种病害，而且还对植物生长有明显促进生长作用。其中主要用于稻瘟病，纹枯病，白粉病，灰霉病，青枯病等病害防治，通过种子处理或灌根，拌土穴施等土壤处理，对西瓜，甜瓜，黄瓜，辣椒，茄子等蔬菜和果树等经济作物的立枯病，枯萎病，黄萎病，根腐病等多种土传病害都有很好防治效果，即使对土壤内的根结线虫也有良好的效果。
枯草芽孢杆菌为确保使用效果，宜在发病初期或发病前进行施药，如果发病盛期使用效果不好。不同产品内含枯草芽孢杆菌数量会明显不同，要按照使用说明和推荐的用量，以规定间隔期和施药次数进行施药，不能和碱性药剂等物质混合使用，不能和铜制剂药剂混用，大风及雨后一小时降雨时不易使用，拌种时要先讲种子打湿在进行拌种，利于分布均匀，土壤处理时可以拌土撒施，或直接根施穴施等，其中土壤有机质含量越丰富田块，进行土壤处理效果也越好。
