1、促进很快的生长
能造成刺激作物生长的生物激素。菌肥中的微生物在土壤内的生命活动流程中，会造成广泛的赤霉素和细胞激素类等物质，这些物质在与植物根系接触后，能调节作物的新陈代谢，刺激作物的生长，那么就会使作物造成增产效果。
2、调节生命活动，增产增收
菌群中的胶冻样芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等有益菌可促进作物根系生长，须根增加。有益微生物菌群代谢造成的植物内源酶和植物生长调节剂经由根系进到植物体内，促进叶片光合作用，调节营养元素往果实流动，膨果增产效果清楚。与施用化肥相对，在等价投入的状况下可增产15~30%。
3、果实品质清楚提高
菌群中的侧孢芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等可下降植物体内硝酸盐含量20%以上，能下降重金属含量，可使果实中Vc含量提高30%以上，可溶性糖提高2~4度。乳酸菌、嗜酸乳杆菌、凝结芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等可提高果实中一定氨基酸(赖氨酸和蛋氨酸)、维生素B族和不饱和脂肪酸等的含量。果实口感好，耐储藏，卖价高。
4、分解有机物质和毒素
菌群中的米曲菌、地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等有益微生物能加速有机物质的分解，为作物制造速效养分、供给动力，能分解连作有毒有损害物质，缓解重茬危害。
5、根际环境保障屏障
菌群中的地衣芽孢杆菌等有益微生物施入土壤后，迅速繁殖成为优势菌群，调节根际营养和资源，使重茬、根腐、立枯、流胶、灰霉等病原菌丧失生存空间和条件。使植物根系细胞的细胞壁增厚，纤维化、木质化，并生成角质双硅层，形成阻止病原菌侵袭的坚固屏障。
6、提高抗逆性
菌肥中的微生物在植物根部广泛生长、繁殖，那么就会形成优势菌群，优势菌群形成局部优势，这样子就能抑制和缩短病原菌的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效。菌群中的地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌等有益微生物可提高土壤缓冲能力，保水保湿，提高作物抗旱、抗寒、抗涝能力；与此同时侧孢芽孢杆菌还可强化叶片保障膜，抵抗病原菌侵染，抗病，抗虫。
7、能松土保肥、改善环境
丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，那么就会使土壤疏松，缩短土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物供给适合的微生态生长环境。
8、有益菌刺激有机质释放营养
菌群中的巨大芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌等有益微生物在代谢流程中造成广泛的植物内源酶，可清楚提高作物对氮、磷、钾等营养元素的吸收率。广泛的有机质通过有益微生物活动后，可不断释放出植物生长所需的营养元素，到了肥效持久的目的。
怎么用好菌肥？
避开强烈的光照
菌肥产品不管是存储還是使用，基本都不可以暴露在强光之下，这是由于阳光中的紫外线对以生物菌产品当中的细菌等有很强的杀灭作用。假如在存储或使用时是菌体长时间暴露在强光下，那么就会使菌肥的效果就受到关系，持续时间越长，生物菌就被杀灭的比较多，效果也就越不好。
使用后立刻补冲水分
因为生物菌对土壤的干湿度要求相当严格，而且生物菌的繁殖特别是细菌的繁殖离不开水分，理所当然土壤要维持必需的湿度才能利于生物菌的繁殖扩增，但是要要注意土壤不可以太湿，假如土壤水分过大那么就会把其中的氧气挤掉，也就会对生物菌的生长不利。当前多数生物菌产品是以好痒菌和厌氧菌搭配组成，也是使生物菌肥对土壤湿度的要求宽松了些。
适宜的土壤pH值
当前不少棚室的土壤的理化性状基本都出来了不相同程度的恶化，如缺乏有机质、盐分太高、pH值偏酸或偏碱等等，这些基本都不利于生物菌的生存和繁殖，假如土壤环境不好，那么使用在好的菌肥也不一定会造成好的效果。理所当然要要注意调节土壤的理化性状，把土壤的pH值调整到在6.5~7.5之间。生物菌才能发挥出效果来。
慎用杀菌剂
微生物菌肥中菌体类型绝大多数与有损害菌类似，假如使用菌肥后在菌肥的持效期内频繁使用杀菌剂，势必会杀灭部分有益菌，引起菌肥效果的下降。因而，在使用菌肥后选杀菌剂时要考虑到对生物菌的关系。
